cordova などは webstorm から確認できないため、開発環境のソースをクラウドにアップしてデバッグビルドする必要がある
なので、普段は開発環境のソース ( dev ) を monaca upload し、リリースビルド時には本番環境のソース ( release ) する運用とする
その際、ローカルで winmerge を実行して、dev と master の差分が動作に影響しない範囲であることを確認する
原則として、DB の向き先などを変えるため設定ファイルに差分が出るのみのはず

Monaca + Monaca Backend